Si l'on parle de la première génération de Phenom 100 (2008-2016), son prix actuel se situe entre 1,8 et 3 millions de dollars, selon le nombre total d'heures de vol, l'année de fabrication, le nombre d'options et l'état général de la cabine. Le Phenom 100EV de deuxième génération, qui a été introduit en 2017 et est produit jusqu'à présent, a des prix allant de 3,4 à 4,8 millions de dollars. Le nouveau Phenom 100EV coûte environ 5 millions de dollars, selon les options installées.